U to vreme srpski kralj Stefan Dušan osvojio je mnoge grčke krajeve na jugu i proširio svoju zemlju, pa je zbog toga rešio da se proglasi za cara. Pritom, on odluči da i Srpskog arhiepiskopa saborskog uzvisi na stepen patrijarha. Kralj srpski je mnogo poštovao svetog arhiepiskopa Joanikija i ukazivao mu veliku čast. Tako je jednom prilikom u Prištini, kada je Dušan dočekivao grčkog vladara Jovana VI Kantakuzena i za tu priliku je bio pozvan i arhiepiskop Joanikije, sam kralj prihvatio je na svoje ruke nogu svetog arhiepiskopa, dok je on silazio sa konja, i celivao ga u ruku moleći od njega blagoslov.
Proglašenje svetog arhiepiskopa Joanikija za patrijarha srpskog nije bilo samo po želji i volji kralja Dušana, nego je proglašenje Srpske patrijaršije bilo saborno, na velikom crkvenom saboru u Skoplju (na Cveti 1346. godine), gde su učestvovali i patrijarh bugarski Simeon, i arhiepiskop ohridski Nikolaj, i mnogi episkopi i klirici srpski i bugarski, a takođe i sam svešteni prot Svete Gore i mnogi svetogorski monasi sa njim.
Srpska Crkva je još od Svetog Save bila priznata od Carigradske patrijaršije kao potpuno samostalna i autokefalna, zbog čega je ovaj sabor u Skoplju smatrao da može nesmetano arhiepiskopa Srpskog proglasiti za patrijarha, te tako ovaj sveti Joanikije II i postade milošću Božjom prvi Srpski patrijarh „vsem Serblem i Pomoriju“, to jest patrijarh „svih Srpskih zemalja i Pomorskih“.
Posle ovoga je patrijarh srpski Joanikije pomazao (na Vaskrs 1346 . godine) kralja Dušana za cara svih Srba, Albanaca i Grka, a uskoro zatim (na Spasovdanskom saboru u Skoplju 1349. godine) zajedno sa njim doneo je mnogoznačajni srpski Zakonik, kojim je uzakonjeno srpsko carstvo, i pravda i poštenje u njemu, i „svaka pravila svetih i božanstvenih crkava“.
