Zabeleženo je da je grupa neznabožaca jednog dana upala u crkvu Svetog Arhangela Mihaila za vreme službe koju je Avtonom vršio i ubili svetitelja na oltaru zajedno sa svim vernicima koji su se tu zatekli.
Ipak, priča o ovom svetitelju ne završava se tu. U vreme cara Konstantina na njegovom grobu podignut je hram. Legenda kaže da se na tačno dva veka od smrti Sveti Avtonom javio u snu jednom vojniku zapovedivši mu da iskopa njegove mošti. Nakon što je ovaj to poslušao svi okupljeni su mogli da se uvere da su zemni ostaci svetitelja netaknuti, a u danima koji su usledili mnogi su bolesnici ozdraviše samo što su dodirnuli mošti Svetog Avtonoma.
Molitva
Zato je i danas običaj da se izgovori molitva Svetom sveštenomučeniku Avtonomu, koja, kako se veruje, donosi zdravlje i napradak svakoj porodici:
Bio si naslednik Apostola prestolom i zajedničar duhom, bogonadahnuto delo si našao u viđenju duhovnog uzrastanja: Zbog toga si uzdizao reč istine i radi vere si do krvi postradao, sveštenomučeniče Avtonome: Moli Hrista Boga da spase duše naše.
