Glas o velikom pustinjaku stigao je i do bugarskog cara Petra. Car je silno želeo da se vidi sa njim, ali je pustinjak izbegao susret i u pismu mu je dao potreban savet.
Mnogi vernici, privučeni vrlinskim životom svetog podvižnika, nastanili su se u blizini pustinjaka. Tu je ubrzo izgrađen hram i manastir. Dostigavši duboku starost, sveti Jovan se upokojio mirno 946. godine, u sedamdesetoj godini svog života. Po smrti se javio svojim učenicima. Njegove mošti su prvo prenesene u Sofiju, pa su prilikom najezde Ugara odnete u Mađarsku, da bi u vreme cara Jovana Asena bile odnete u Trnovo. Kad su Turci zauzeli Trnovo, posredovanjem sultanije Mare Branković, mošti svetog Jovana Rilskog prenete su u Rilski manastir, gde i danas počivaju.
Rilski manastir su obnovili kralj Milutin i car Dušan, srpski vladari i on je kroz vekove bio kula svetilja i mesto čudotvorne sile i duhovne utehe za hrišćanski narod u Bugarskoj, posebno u teška vremena robovanja pod Turcima.
Žitije prepodobnog Jovana Rilskog napisao je Georgije Skilica na grčkom i patrijarh Jeftimije Trnovski na slovenskom.
