Kasnije odlazi u Efes, jer silaskom Svetog Duha na apostole, dobi zadatak da tamo širi Božansko Jevanđelje i pođe mu za rukom da preobrati mnogo naroda u hrišćanstvo. Bio je proganjan, ponižavan i mučen. Za vreme koje je proveo u progonstvu na ostrvu Patmos, napisao je čuveno Jevanđelje i Otkrovenje, a po dolasku na presto cara Nerve, bio je oslobođen i vratio se u Efes.
Sveti Jovan Bogoslov je poživeo više od 100 godina, i kada je osetio da mu se bliži sudnji čas, rekao je učenicima da mu iskopaju grob u obliku krsta. Njegovih sedam učenika ga je poslušalo, i on je živ sišao u svoj grob.
Njegovi prijatelji su se rastižili kad su to čuli, i otišli su da otvore grob ovog svetitelja, ali njegovog tela tamo nije bilo. Od tada su oni stalno dolazili na njegov grob i molili se, i tako je počelo svake godine na ovaj dan da se dešava čudo.
Crkva dva puta u godini proslavlja ovog svetitelja i to 9. oktobra kada se sećamo njegovog upokojenja i 21. maja, jer na taj dan iz njegovog groba se širi čudesni i kako vernici kažu lekoviti prah, koji su uzimali i time isceljivali svoje muke i razne bolesti.
